Kristian ialah kumpulan agama terbesar di Jerman dengan 53 juta penganut (64%),[10] Agama kedua terbesar pula ialah Islam dengan 3.3 juta penganut (4%) diikuti dengan penganut Buddha dan Yahudi, kedua-duanya dengan jumlah penganut sekitar 200,000 orang (0.25%). Agama Hindu pula mempunyai sekitar 90,000 orang penganut (0.1%). Lain-lain kumpulan agama memiliki penganut kurang daripada 50,000 orang (kurang daripada 0.05%). Sekitar 24.4 juta orang (29.6%) pula tidak mempunyai agama.

Penganut Protestan bertumpu di utara dan timur manakala penganut Katolik pula bertumpu di selatan dan barat. Masing-masing memiliki penganut sekitar 31% daripada keseluruhan penduduk. Ketua Gereja Katolik Rom pada masa kini, Paus Benedict XVI, dilahirkan di negeri Bavaria. Orang-orang yang tidak beragama, termasuk ateis dan agnostik yang membentuk 29.6% daripada keseluruhan penduduk, kebanyakannya bertumpu di negeri-negeri bekas Jerman Timur dan kawasan metropolitan utama.[11]

Daripada 3.3 juta orang penganut Islam, kebanyakannya adalah golongan Sunnah dan juga Alewi dari Turki, tetapi terdapat juga sekumpulan kecil penganut Syi'ah.[12] 1.7% penduduk negara ini mengaku sebagai penganut Kristian Ortodoks, dengan orang-orang berketurunan Serb dan Greek membentuk majoriti.[10] Jerman juga mempunyai jumlah penganut agama Yahudi ketiga terbesar di Eropah Barat.[13] Pada tahun 2004, pendatang-pendatang Yahudi dari bekas republik Soviet berhijrah ke Jerman dalam jumlah yang sama besar dengan kumpulan yang berhijrah ke Israel, membawa kepada jumlah keseluruhan sebanyak 200,000 orang berbanding 30,000 sebelum penyatuan semula. Kota-kota besar dengan komuniti penting orang-orang Yahudi termasuklah Berlin, Frankfurt dan Munich.[14] Sementara itu, sekitar 250,000 orang, sebahagian besar merupakan pendatang-pendatang dari Asia, penganut agama Buddha tinggal di Jerman.[11]

Menurut Undian Eurobarometer pada tahun 2005, 47% warga Jerman bersetuju dengan pernyataan: "Saya percaya akan kewujudan Tuhan", sementara 25% pula bersetuju dengan pernyataan: "Saya percaya wujudnya roh atau kuasa kehidupan" dan 25% pula bersetuju dengan: "Saya tidak percaya akan kewujudan roh, tuhan atau kuasa kehidupan".[15]